[科学技术]追踪病毒演化，他们用科学说话——记北京大学生命科学学院抗疫科

"你放下手头所有的工作，全力以赴去做."1月31日，过年的第七天，陆健把他的两个博士生拉进了一个小组。

他给学生分配了一项任务——根据数据库中公布的基因组序列研究新型冠状病毒。

当时，陆健没有想到新冠肺炎肺炎疫情会持续这么久，影响这么多人。他的想法很简单——给暂时无法返校的学生找点事做，让他们学点新东西。

陆健，北京大学生命科学学院研究员，蛋白质与植物基因研究国家重点实验室。他的主要研究领域是进化生物学。根据疫情防控要求，学生仍无法返校。5月底，鲁健带着《科技日报》记者参观了空的一个实验室，笑着说:“还是有些不习惯

“这个地方太不寻常了。”

1月底，关于SARS-CoV-2的研究如雨后春笋般出现。1月30日，《自然》杂志的一篇文章显示，已经发表了54篇与SARS-CoV-2相关的英文论文。

陆健记得2003年在芝加哥大学攻读博士时，他的导师吴仲义先生与赵国平先生等国内专家合作，完成了对非典基因组进化的研究。当时陆健并没有直接参与这项工作，而是被进化生物学和基因组结合的强大力量所震惊。面对新冠肺炎的肺炎疫情，陆健觉得或许可以做一些基因组进化的工作。“这是我们以前的工作。”。

陆健也视之为实践教学。学生不能回来，但学习要继续。

病毒基因组进化的表象逐渐显露。这是一种单链rna病毒，基因组有近3万个核苷酸，编码12个基因，编码区占基因组的近98%。

研究开始后不久，他们发现了第一个异常现象。

当时没有太多数据可以分析。即使他们边做边补充更新的数据，也只能分析103种病毒的基因组数据。

然而，根据这103个序列，在参考基因组的第8782位和第28144位，研究小组看到了“打包突变”——两个高度连锁的突变位点。

一般来说，基因的突变是单一的、随机的，但这里的突变是不同的——“有我就有我”。“当时我不知道这个发现会有多大意义。我只是觉得太不寻常了。”

陆健通过屏幕投影向记者展示了他的发现:“你看，在SARS-CoV-2基因组中有两个非常明显的谱系。”

研究小组称这两个谱系为“L”和“S”，以基因组28144位突变对应的氨基酸分别为亮氨酸(L)和丝氨酸(S)命名。在103份样品中，72份为L系，29份为S系。

谱系之间的明确区分也意味着这种分化已经发生在病毒进化的早期阶段。那么，哪个血统更古老呢？

在这里，陆健的课题组还介绍了一种常用的进化分析手段——离群点分析。在用较老的病毒作为参照系统后，他们发现在样本中占有较大比例的L谱系其实是“从后面来的”，实际上比S谱系要年轻。

学生:我几个月才出门一次

“疫情在那里。”这是课题组博士生吴长城在交流中常说的话。疫情是一种“秩序”，一种责任，一种压力。

对于学生来说，这次遭遇SARS-CoV-2确实是一个具有挑战性的学习过程。他们必须迅速掌握不熟悉的软件和分析工具，来到这个热门而陌生的领域。经过短暂的探索，我找到了自己的位置，扎营挖深。

“有新闻就做，有工作就做。”吴长城这样描述他们的工作条件。有一次我们在微信群里合作改卷子，从第一天晚上6点改到第二天早上5点。

他们都觉得时间紧迫。

唐，一个三年级的博士生，从寒假开始就离开家一次。

父母和孩子之间必要的交流是在吃饭的时候。组员们经常开语音研讨会，唐和都能听到舅舅和舅妈在手机那头催促——“吃饭！”她的战友会短暂停顿，回喊:“等一下！等一下！”

”唐、吴长城、姚新民、吴新凯...这些学生责任感很强，他们的确是在以一种更‘救命’的方式做研究。”陆健一一表扬了他们。

其实在学生眼里，鲁老师也是一个似乎不需要休息的“狠人”。“他经常在夜里一两点在群里发消息。早上再看到的时候，老师又出现了。”唐对说道。

会继续在科学上发言

3月3日，《国家科学评论》发表了中国科学院巴斯德研究所陆健、崔杰撰写的论文《sars-cov-2的起源与可持续进化》。其中最引人注目的是SARS-CoV-2的谱系划分。

对于陆健来说，后来发生的事情，就是他所说的“最难的部分”——太多人关注，太多误读，纷争此起彼伏。

论文结论添加了引申解读，出现在微博热搜；在陆健的邮箱里，他收到了来自世界各地普通人的询问。他们问陆健，病毒变异了吗？会影响疫苗效力吗？

实际上，rna病毒变异是正常的，但是这些变异如何影响病毒的功能需要进一步研究。

“没想到这么多人关注！”陆健感叹:“这是压力和鞭策。”

论文发表后，国外一些研究人员对网站病毒分型的可靠性提出质疑。陆健向怀疑论者详细解释了研究方法和结论。

陆健课题组发表论文一个月左右，国外也有团队报道病毒分型。其实那篇文章中病毒的分类和陆健课题组的分类基本一致。

目前，公共数据库中有33000多条病毒基因组序列，99.5%以上的病毒基因组仍能清晰地划分为L或S谱系。也就是说，该团队基于103个基因组序列得出的结论经得起推敲，并得到了进一步验证。

现在，课题组还在转。他们与合作者一起，对两个谱系的亚谱系进行了细分，绘制了SARS-CoV-2亚谱系的世界分布图，并对不同谱系病毒的致病性做出了一些初步结论。

“SARS-CoV-2是全人类的共同敌人。尽自己的一份力量也是一种贡献。”陆健感谢很多人:武汉大学相关团队、中科院昆明动物研究所研究员吕雪梅、张亚平院士、吴仲义教授等资深科学家的组织和指导……在这些人身上，他看到了强烈的社会责任感和无私的科研精神。陆健多次强调，该团队的基因组分析工作是建立在在中国和世界范围内奋斗在第一线的医务人员和科研人员共同努力的基础上的。“我们将利用这些有价值的数据继续探索病毒的进化，并纯粹用科学说话。”